
La Duana andorrana té tres principals missions: una missió fiscal, protecció i una missió econòmica. La seva acció s'exerceix en tot el territori nacional. La missió fiscal reprèn el control i percepció dels drets i impostos sobre mercaderies. La Duana s'encarrega de la recaptació dels drets de duana com la taxa sobre el consum, la tarifa exterior comuna i els drets antidumpings, així com de la percepció dels impostos de fiscalitat interna com l'impost de mercaderies indirecte, l'impost d'activitats comercials, i els impost especials. En aquest sentit té com a objectiu la prevenció i la repressió del frau.
La missió econòmica consisteix en garantir el respecte dels compromisos internacionals (ATA, Conveni de Viena, ...), en aplicar les disposicions de política comercial i en controlar, facilitar i promoure els intercanvis internacionals.
La Duana també ha d'afavorir el desenvolupament i la diversificació de l'economia nacional adaptant els seus procediments i donant fluïdesa als intercanvis tot i respectant els seus compromisos internacionals. Atesa la seva situació privilegiada col·labora també amb altres Ministeris i departaments de l'Administració en àmbits sanitaris, culturals, de propietat intel·lectual, de seguretat industrial etc.. En aquest sentit la tercera de les missions de la Duana és una missió de protecció. La Duana contribueix en la protecció del consumidor (falsificacions, pirateria, normes tècniques, ...), en la protecció de la sanitat pública (control de medicaments, estupefaents, ...) en la seguretat pública (control d'armes, ...), protecció del patrimoni (control d'obres d'art) lluita contra el frau i tràfic internacionals (mercaderies sensibles, ...).
L'Acord estableix un règim d'Unió duanera per als productes industrials i la resta de productes (productes agrícoles) queden exclosos d'aquesta Unió duanera.
La Unió duanera establerta preveu que els productes industrials estiguin:

Característiques de l'Acord, estableix unes disposicions comunes als intercanvis de mercaderies sense establir més distincions entre productes agrícoles o industrials. Aquestes disposicions comunes són:
La signatura implica una adaptació constant de la legislació. En l'ordenament jurídic, des de l'1 de juliol de 1991 fins a l'1 de juliol de 1996, principalment s'ha suprimit la Taxa sobre el Consum pels productes 25 a 97 del SH, s'ha creat l'impost de mercaderies indirecte (IMI) establint una fiscalitat de tipus indirecte (Llei de l'Impost de Mercaderies Indirecte del 26 de juny de 1991), s'ha adoptat el DUA (Document Administratiu Únic).
Paral·lelament s'han adoptat un seguit de decisions (decisions del Comitè Mixt CE – Andorra) que permeten un bon desenvolupament de l'Acord en l'àmbit nacional i una harmonització amb la legislació comunitària.
Progressivament Andorra ha anat adaptant la seva legislació duanera de manera a integrar la normativa i els procediments comunitaris en el seu ordenament jurídic. El 20 de juny de 1996 va aprovar la Llei del Codi de Duana que va ser revisada per una millor adaptació i harmonització el 14 d'abril del 2004. L'aprovació de l'esmentada Llei ha permès desenvolupar un seguit de reglamentació i normativa duanera i fiscal amb l'objectiu de regular procediments que donin facilitats als tràmits duaners.
La signatura de l'Acord d'Unió duanera ha implicat que la Duana Andorrana participi i col·labori directament amb les institucions comunitàries i en particular amb la Comissió de la Unió Europea, estant present en diferents Comitès tècnics duaners.
Però la globalització de l'economia fa que les relacions entre operadors de països diferents siguin cada cop més habituals i s'estableixin més enllà de les fronteres comunitàries. En aquest sentit la Duana andorrana ha mostrat la seva voluntat d'obertura i de reconeixement internacional des de fa temps i és membre de l'Organització Mundial de Duanes des de l'any 1998.
L'Organització Mundial de Duanes creada des de l'any 1950, és un organisme intergovernamental que agrupa les administracions duaneres de 169 països i que té com a vocació permetre una millor cooperació entre les diferents duanes, adaptant els procediments, les evolucions tècniques, jurídiques, buscant les eines de millora per tal que els seus membres responguin millor i de manera més eficaç al creixement dels intercanvis comercials tot i garantint la seguretat dels intercanvis. La tasca de l'OMD és de millorar l'eficacitat de la comunitat duanera internacional: afavorint la creació d'instruments internacionals que facilitin els intercanvis i facilitant recolzament a les diferents institucions duaneres nacionals o regionals.